Добавлю свои пять копеек... 
Проверил у себя: VLC показывает субтитры, привязывая их положение к какой-то из сторон кадра.
В моем случае титры привязаны верхняя строчка - к верхнему краю кадра, нижняя строчка - к нижнему.
При изменении размера они смещаются, используя оставшуюся область.
В моем случае использовались внешние субтитры ASS.


Очевидно, субтитры в Вашем случае привязаны к размеру кадра и при уменьшении высоты кадра не могут быть корректно спозиционированы. Плеер выводит их в центр.
Как это исправить:
1. Использовать другие субтитры. Скачать из интернета, назвать их по имени видео-файла и положить рядом с ним.
2. Не использовать уменьшение кадра, либо включить в SVP запрет изменения размера кадра: меню SVP - Настройки - Изменить клавиатурные комбинации... - Выбор файла... - указать vlc.exe - выбрать для него "Без изм.размера".
3. Выяснить, что у Вас за субтитры (формат), найти и разобрать их устройство, как привязано позиционирование к размеру кадра. Дальше либо исправлять самому дорожку субтитров, либо писать авторам VLC, чтобы добавили корректную работу таких субтитров.