Воспользовался утилитой от Haali, mkv2vfr, которая для mkv-файлов показывает интервалы внутри видео с разной частотой кадров. Получилось следующее:
Rimsky: PSNR.Planetes.01 (1)-004.mkv
# timecode format v1
Assume 23.976
0,2243,23.9764
Первая частота - из заголовка. Далее - интервалы кадров (первый, последний) и частота кадров на этом интервале. Здесь интервал один. Обе частоты примерно совпадают, этот файл корректно работает и в текущей версии SVP 3.0.1.
Mikluhamaklay: Planetes_TV_05 (1) -001.mkv
# timecode format v1
Assume 23.976
0,0,30.3030
1,1,10.0000
2,277,29.9707
278,1112,23.9757
Если опустить первые единичные два кадра, которые имеют собственную частоту кадров, то остается два интервала:
1. Кадры 2-277. Частота 30 fps
2. Кадры 278-1112. Частота 24 fps
227 кадров на частоте 30 fps это почти 8 сек. На восьмой секунде происходит переход между частотами кадров. 30 fps понижается до 24. Сейчас SVP 3.0.1 не умеет на лету приспосабливаться к таким изменяющимся условиям. Поэтому и наблюдаются либо завышенные, либо заниженные значения SVP-индекса. Если научить отображать правильный SVP-индекс у меня уже получилось, то вот во время изменять коэффициент повышения плавности - пока нет. Проблема в том, что ffdShow показывает это изменение частоты кадров на 8 секунде не как резкую смену частоты, а как плавное падение частоты на протяжении оставшихся секунд ролика. Это затруднит выбор правильного коэффициента повышения плавности, и плавность при этом будет искажена, частота кадров видео перестанет быть равной частоте обновления экрана.
Нужен способ более быстрого определения текущей частоты кадров.
Mikluhamaklay: Bakemonogatari_[06]_[BDRip_720p_x264_FLAC][Noir] -001.mkv
# timecode format v1
Assume 23.976
0,2715,30.0001
Видно, что интервал один, но частота в заголовке отличается от реальной частоты кадров.
Такая ситуация отлавливается весьма корректно. ffdShow быстро начинает показывать реальную частоту кадров. В готовящемся исправлении SVP такие файлы будут уплавняться корректно.
Mikluhamaklay: [AniDUB]_Kaibutsu_Oujo_[08_of_25]_[RUS_JAP]_[DivX_704x396]_[Cuba77_&_Ellorial]-001.mkv
# timecode format v1
Assume 23.976
0,3,23.9521
4,5,29.8507
6,346,23.9769
347,347,20.0000
348,348,23.8095
349,349,30.3030
350,504,23.9753
505,506,20.0000
507,507,23.8095
508,545,29.9685
546,546,24.3902
547,547,19.6078
548,548,24.3902
549,554,30.0000
555,555,23.8095
556,556,20.0000
557,557,23.8095
558,563,30.0000
564,564,23.8095
565,565,20.0000
566,566,23.8095
567,572,30.0000
573,573,24.3902
574,574,19.6078
575,575,24.3902
576,581,30.0000
582,582,23.8095
583,583,20.0000
584,584,23.8095
585,585,30.3030
586,586,23.8095
587,587,20.0000
588,588,23.8095
589,599,29.9728
600,600,24.3902
601,601,19.6078
602,602,24.3902
603,643,29.9708
644,644,23.8095
645,645,20.0000
646,646,23.8095
647,657,29.9728
658,658,23.8095
659,659,20.0000
660,660,24.3902
661,661,29.4118
662,662,24.3902
663,663,20.0000
664,665,23.8095
Тяжелый случай. Выделена частота кадров на интервалах, длиннее 3 кадров. Видно, что идет увеличение частоты с 24 до 30, но эта частота периодами "гуляет" туда-сюда. Я пока не знаю как повышать плавность такому видео.
Скорее всего никак 
Mikluhamaklay: Rozen Maiden - 04 (DVDRip 1024x576 x264 AC-3) [HQR] (1)-001.mkv
# timecode format v1
Assume 23.976
0,19,23.9808
20,119,29.9670
120,123,23.9521
124,138,30.0000
139,142,23.9521
143,242,29.9670
243,262,23.9808
263,292,29.9700
293,328,23.9840
329,363,29.9658
364,371,23.9521
372,456,29.9718
457,488,23.9700
489,493,29.9401
494,541,23.9760
542,991,29.9700
992,993,24.3902
Само видео 24 кадра в секунду, а периодически идут вставки с частотой 30 fps (выделил жирным). Японцы любят такое. Рисованное аниме на одной частоте, а титры и компьютерная графика - на другой. Повышать плавность тут тоже как бы не простая задача. Совсем не простая. ffdShow не успевает отловить переключение частоты кадров. Т.е. такому видео тоже повысить плавность не удастся.
