в предложенном примере это не просто "обложка" (т.е. картинка), а целое видео с кодеком mjpeg, но каким-то диким разрешением (509*720), от чего у фильтра vapoursynth рвет крышу
была бы нормальная обложка, SVP бы ее игнорировал, а тут он видит видеопоток, и пытается включиться
можно просто профилями обойти - новый профиль, не увеличивать частоту кадров, плюс еще красный кирпич нажать, и условие - кодек видео = mjpeg
или "расширение файла = flac", эффект тот же, что больше нравится...