Тут надо разделять что понимать под "СВП". Одно дело это конкретная версия mpc-hc + конкретная версия ffdshow + масса еще всякого + сам свп как движок интерполяции кадров. Другое дело - это сам "движок" и всё.
Сам по себе "движок" лишник "лагов" вызвать не может (при условии что скорости системы хватает, конечно), следовательно дело во всём остальном.
Что изменилось при переходе от 3.0.6 к 3.1:
- версия MPC-HC (почти наверняка не при чём)
- версия ffdshow (фиг знает, но скорее всего нет)
- по-умолчанию используется LAV декодер (очень может быть)
Для очистки совести можно:
1. снести все версии свп
2. поставить НЕ-лагающую 3.0.6, убедится в том, что "лагов" нет
3. сверху поставить 3.1.1 Lite (что бы оно не обновило ничего лишнего)