Как верно замечено, SVP при отключении возвращает то, что было выставлено в ffdshow на момент создания этого экземпляра ffdshow (т.е. на момент открытия нового видео).
А вот ЧТО там было выставлено - это уже сугубо личное дело ffdshow и его настроек, и там совсем не так всё очевидно, какое именно состояние когда оно сохраняет.
100%-е решение только одно - НЕ возвращать "пользовательские настройки", а всегда очищать скрипт и снимать галочку.